Собрание произведений искусства Древнего Египта включает уникальную коллекцию подлинников, собранную В.С. Голенищевым (более 6000 памятников) и приобретенную музеем в 1909–1911 годах. В дальнейшем в музей были переданы частные собрания А.В. Живаго (поступило в 1940-м согласно завещанию) и историка искусства А.В. Прахова (приобретено у его сына в 1940-м).
Коллекция древнеегипетского искусства отличается большой полнотой. В ней представлены все этапы развития культуры Египта, с додинастического (IV тысячелетие до н.э.) до раннеисламского периода (IV–VII века н.э.). Выдающимися памятниками представлен в собрании музея период Нового царства (XVII–XII века до н.э.). Мировой известностью пользуется музейная коллекция так называемых фаюмских портретов (I–III века н.э.), демонстрирующих синтез древнеегипетских и эллинистическо-римских традиций.
Коллекция памятников искусства Передней Азии сравнительно невелика, но весьма разнообразна. Она содержит 476 произведений прикладного искусства, основную часть которых составляют археологические памятники VI–V тысячелетий до н.э. из Северного Ирака, найденные в 1970-х Советско-иракской археологической экспедицией и переданные в дар музею Институтом археологии РАН.